In den 9. und 10. Jahrgangsstufen haben die Schülerinnen und Schüler die Gelegenheit, statt einer oder zwei Freiarbeitsstunden einen Wahlunterricht zu wählen, an dem sie dann ein Jahr lang teilnehmen.

Die Schülervertreter befragen jedes Jahr die 8. Klassen, welchen Wahlunterricht sie sich wünschen. Im Rahmen der organisatorischen und personellen Möglichkeiten des St.-Gotthard-Gymnasiums werden dann entsprechende Gruppen angeboten. Dabei wird ein besonderer Wert auf die Ausgewogenheit gelegt, das heißt zum Beispiel, dass der Internationale EDV-Führerschein (ECDL) und eine Fremdsprache immer stattfinden.