Das Orchester des St.-Gotthard-Gymnasiums Niederalteich besteht aus rund 50 Schülerinnen und Schülern. Die Stammbesetzung setzt sich aus Violinen, Violen, Violoncelli, Kontrabässen, Querflöten und Klarinetten zusammen. Erweitert wird diese Stammbesetzung je nach gespielter Literatur um Trompeten, Posaunen, Pauken und Schlagwerk. Das Orchester ist eine feste Institution im musikalischen Spektrum des St.- Gotthard-Gymnasiums. Schülerinnen und Schüler ab der Jahrgangsstufe 9 können mit entsprechenden Orchester- Instrumenten an diesem Ensemble teilnehmen. Die jährlich im Herbst stattfindenden Orchester- Probentage sind die Grundlage für die Einstudierung der musikalischen Werke, die im Laufe eines Schuljahres aufgeführt werden. Im Laufe eines Schuljahres sind Auftritte beim Weihnachtskonzert in der Basilika zu Niederalteich, beim traditionellen Faschingskonzert, im Kapuzinerstadl Deggendorf sowie Opern- und Singspielaufführungen fester Bestandteil der Konzertaktivität des Großen Orchesters. Über diese Auftritte hinaus gibt es immer wieder „Highlights“, wie z.B. ein Auftritt im Prinzregententheater München im Rahmen einer Jubiläumsfeier der „Aktion Knochenmarkspende Bayern“. Das Repertoire des Orchesters ist musikalisch sehr vielfältig und reicht von klassischer Literatur bis hin zu modernen Werken und Filmmusik.