Der Geist der benediktinischen Spiritualität drückt sich aus in verschiedenen religiösen Aktivitäten der ganzen Schulfamilie. So unternehmen bereits die 5. Klassen eine Fußwallfahrt zum rund sieben Kilometer entfernten Geburtshof des Hl. Gotthard, dem Namenspatron der Schule. Die 6. Klassen fahren in die Jugendbildungsstätte Kloster Windberg, um sich auf das Sakrament der Firmung vorzubereiten und Tage der Gemeinschaft zu erleben. Die Schulfirmung ist ein besonderes Ereignis, da die Schülerinnen und Schüler entweder von „ihrem Abt“ oder vom Passauer Diözesanbischof das Sakrament der Firmung in der Basilika Niederaltaich empfangen. Die 7. Klassen können am „Klostertag“ das Leben der Mönche kennenlernen. Das Fest des Hl. Benedikt am 11. Juli wird von Schule und Konvent gemeinsam in einem „Akademietag“ der Q 11 gefeiert. Neben diesem religiösen Fundament soll das Handeln der Schüler aus einem sozialen Verantwortungsbewusstsein heraus erfolgen. Das Schülermentorenprogramm (SMP) der Katholischen Studierenden Jugend (KSJ) als feste Einrichtung bereichert seit 2010 mit spirituellen, bildungspolitischen und sozialen Angeboten das Schulleben.

Das St.-Gotthard-Gymnasium sieht es als seine Aufgabe, die zahlreichen Hilfs- und Sammelaktionen verschiedener Schülerarbeitsgemeinschaften sowie die intensiven Klassenpatenschaften mit Partnern auf den verschiedenen Kontinenten zu unterstützen.