Die Schüler der Qualifizierungsphase (Q11/12) müssen bei ihrer Vorbereitung auf das Abitur ein wissenschaftspropädeutisches (W-) Seminar und ein praxisorientiertes (P-) Seminar belegen. Die Themen für diese Seminare werden aus allen Fachbereichen angeboten. Bei dem W-Seminar wird ein festgelegtes Rahmenthema behandelt, innerhalb dessen der Schüler eine Semiararbeit erstellen muss. Hierbei hat der MINT-interessierte Schüler die Möglichkeit, sich im MINT-Bereich zu profilieren.
Folgende Themen wurden in den letzten Schuljahren angeboten und gewählt:
| Schuljahr | W-Seminar | P-Seminar |
| 2018/19 | Ch: Katalyse | B: Anlage und Pflege eines naturnahen (Wild-) Kräutergartens
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| 2017/18 | M: Magie der Zahlen | Ph: Entwicklung und Erstellung von Versuchsanleitungen für die Unter- und Mittelstufe |
| 2016/17 | M: Ohne Mathematik ist alles nichts! Ph: Smartphone im Unterricht | B: Anlage und Pflege eines naturnahen (Wild-) Kräutergartens und Herstellung verschiedener Produkte auf Kräuterbasis Ch: Erstellung und Erprobung von Schüler-Experimentiersets für das Fach Natur und Technik |
Das St.-Gotthard-Gymnasium motiviert und unterstützt begabte MINT-Schüler, noch während der Schulzeit ein Frühstudium an einer nahe gelegenen Hochschule oder Universität zu belegen. Hier stehen der Schule die Universität Passau und die Technische Hochschule Deggendorf zur Verfügung.
In Kooperation mit der THD können die Schüler aus einer Vielzahl an MINT-Angeboten wählen (siehe auch Schulprofil/Mint-Profil/Veranstaltungen).
Über die Internet-Plattform mebis, Eltern-Schüler-Briefe und persönliche Ansprache werden MINT-interessierte Schüler über Fortbildungen, Workshops und Camps von MINT Initiativen informiert – insbesondere MINT-EC/Schüler Veranstaltungen.
Im Projekt „Schüler helfen Schüler" erhalten jüngere Schüler Lernunterstützung von Älteren. Der ältere Schüler kann dabei Erfahrungen bei der Erklärung und Verdeutlichung von MINT- Aufgaben sammeln und dem Jüngeren seine MINT-Begeisterung schülernah vermitteln.
