Der am St.-Gotthard-Gymnasium Niederalteich angebotene Orgelunterricht richtet sich an Schülerinnen und Schüler, die auf einem Tasteninstrument bereits Erfahrungen sammeln konnten. In der Regel ist es sinnvoll, interessierte Mädchen und Jungen ab der 8. Jahrgangsstufe in einem „Schnupperunterricht“ an die Orgel heranzuführen. Im Orgelunterricht werden Literaturspiel und - wenn gewünscht - auch die Grundlagen für das liturgische Orgelspiel angeboten. Oft sind die entsprechenden Schülerinnen und Schüler auch durch ein reges Interesse an ihren Heimatpfarreien motiviert, das Instrument Orgel beziehungsweise die musikalische Gestaltung eines Gottesdienstes kennenzulernen. Den Orgelschülerinnen und –schülern stehen im Unterricht mit der Salettl-Orgel sowie der großen Orgel in der Basilika zwei äußerst attraktive Instrumente zur Verfügung, welche mannigfaltige musikalische Möglichkeiten eröffnen.